手机知网查重总是格式不对可能是由于文档格式不兼容所致，可以尝试将文档转换为支持的格式再进行查重。另外，也可以尝试清理文档中可能存在的格式错误或特殊符号，再进行查重操作。如果问题依然存在，建议联系手机知网客服寻求帮助。

另外，手机知网查重总是格式不对还可能是由于网络连接不稳定或系统问题导致，可以尝试重新连接网络或重启手机知网软件解决。同时，也建议及时更新手机知网软件版本，以确保软件正常运行。如果问题持续存在，建议联系专业技术人员进行进一步排查和处理。